內政部從 2019 年開始導入國際 FIDO 聯盟標準，推出 TW FidO 臺灣行動身分識別 App，新的行動自然人憑證 App 加入電子簽章功能和新的 FIDO2 標準，採用源碼混淆資料加密、多重金鑰保護等機制。
行動自然人憑證 App 的註冊綁定流程與舊版（TW FidO）相同，先在電腦使用自然人憑證 IC 卡進行註冊(需讀卡機)，打開 App 掃描條碼即可綁定裝置，未來透過手機就能登入各項政府的網路服務，會以生物辨識(指紋或臉部)進行身分驗證，免插卡免帳號密碼。
官方網站：https://fido.moi.gov.tw/
作業系統：Android7.0、iOS14.0
下載安裝：【Google Play】【App Store】
行動自然人憑證 App 註冊流程：
一、電腦註冊：
電腦打開行動自然人憑證網站，點擊「立即註冊」。
進行註冊會先檢測驗證元件和讀卡機，將「讀卡機 + IC 卡」連接電腦並安裝(啟動)憑證驗證元件，按下「關閉視窗」。
尚未安裝元件在登入畫面點選「跨平台網頁元件」至 MOICA 內政部憑證管理中心下載。準備就緒後，輸入身分證字號、自然人憑證 PIN 碼，按下「送出」。
登入會有隱私權保護政策和使用聲明，按下「同意」。
若是驗證身分時出現錯誤，是因為瀏覽器預設會封鎖彈出視窗，將封鎖快顯視窗設定為「一律允許」再次登入即可通過簽章。
讀取自然人憑證 IC 卡後會看到中文姓名和身分證字號，輸入電子郵件、手機號碼，按下「送出」。(註：舊版 TW FidO App 用戶也要重新註冊。)
註冊完成就能進行綁定裝置，網頁有顯示安裝連結(條碼)，手機安裝 App 後點擊「返回首頁」。
回到首頁就是帳戶資訊，點擊「綁定行動裝置」會顯示驗證條碼。
二、綁定行動裝置：
手機打開行動自然人憑證 App，點擊「註冊裝置」並允許取用相機權限。
用手機鏡頭掃描網頁顯示的條碼進行驗證。
掃描通過會轉入註冊確認說明，按下「確認」並允許使用生物識別(Face ID 或指紋辨識)權限。
最後設定(輸入)裝置名稱和點擊指紋圖案進行 Face ID 或指紋辨識就完成。
電腦和手機畫面都會顯示已經完成註冊綁定，以後透過網路申辦政府服務可選擇行動憑證，用手機進行驗證身分免讀卡機。
三、取消已綁定的裝置：
日後若有更換裝置的話，在電腦上使用讀卡機+自然人憑證 IC 卡到行動自然人憑證網站登入，點選「裝置資訊 / 停復用」即可註銷裝置。